É sempre bom deixar o emulador atualizado, estão sempre arrumando bugs e erros.
Mas tu pode verificar no git as atualizações em cada release do emulador, se não for tão relevante pra você ou uma correção pequena, tu pode deixar a versão que tu baixou, ou atualizar manualmente a correção.
Uma coisa que eu faço é sempre anotar todas modificações que eu faço no emulador, dai sempre que sai um novo release do emulador com uma correção importante, eu baixo ele e aplico todas as minhas modificações novamente, sempre verificando se está dando erro ou não.
Estou com um trabalho de tradução do Hercules agora, já traduzi toda mob.db, e estou iniciando a tradução da item.db, por se tratar de alterações apenas de tradução não é comum acontecer erros caso eu queira usar uma versão mais recente do Hercules.
O que não é legal é você utilizar uma versão muito antiga do emulador por muito tempo, porque talvez tu irá encontrar bugs que já foram arrumados em releases posteriores, por isso é sempre verificar o log das atualizações no GitHub.
Abraços!