Siempre puedes hacer todo desde el propio servidor si conoces los comandos del sistema operativo, aunque si no estás muy dotado en sistemas GNU/Linux como yo, siempre puedes recurrir a pequeños trucos
Las subidas y bajadas del emulador al servidor se hacen mediante sFTP (secure FTP). Algunos programas como
FileZilla (el cliente) te ofrecen posibilidad de conectarse bajo sFTP en el puerto por defecto (21 si mal no recuerdo). Simplemente tienes que conectarte igual que si te conectases por SSH, con los mismos credenciales.
O, si tienes interfaz gráfica y navegadores en tu máquina siempre puedes subir tu emulador configurado y empaquetado (en .tar, .zip o cualquier otro) a un servidor de ficheros como puede ser MEGA, descargártela (eliminarla por seguridad para que no te la roben) y desempaquetarla y luego compilarlo en tu servidor. Recuerda que tienes que tener las bases de datos y demás preparadas en la máquina servidor (suponiendo que vayas a alojar todo en la misma máquina).
Recuerdo que todas las dependencias que necesitas instalar para que te vaya bien en la compilación son las siguientes:
sudo apt-get install mysql-server mysql-client mysql-common gcc libmysqlclient18 screen make zlibc zlib1g zlib1g-dev libmysqlclient-dev zlib1g-dev libpcre3-dev
Y para instalar las bases de datos y demás, siempre puedes hacer la trampa de instalar LAMP (sudo tasksel install lamp-server) y PhpMyAdmin (que creo que te venía con LAMP), y hacer todo desde una bonita interfaz web desde tu Windows en casita. Recuerda, eso sí, que tener PhpMyAdmin accesible a terceros será un enorme riesgo de seguridad una vez tengas el servidor abierto.