Yo prefiero un panel artesanal, aunque tuve que instalar Ceres en mi servidor porque no me daba tiempo a acabarlo y me di cuenta de que no tenía servidor de correo.
Flux ofrece un par de ventajas sobre Ceres a menos que pienses usar modificaciones de pago como eAmod (que trabaja solo para Ceres), como son la posibilidad de integrar una web completa con Flux y las bases de datos que ofrece. En cambio (nunca he registrado una cuenta en un Flux CP así que no es seguro) creo que Ceres ofrece algunas posibilidades que creo que Flux no tiene, como resetear la posición o el estilo, cambiar el slot del personaje, divorciarlo y así.
En cuanto a desarrollo, como bien dices parece que el de Ceres está parado y desconozco el estado del de Flux, aunque se ve activo últimamente (en modificaciones al menos). Como experiencia con Ceres, su apariencia gráfica (layout) se puede modificar de forma muy sencilla, aunque tocar su código es un infierno. No sé si pasará lo mismo con Flux.
Y esto es todo lo que te puedo ayudar en cuanto al panorama de Ceres y Flux. Para compararlos por ti mismo, tanto desde la vista de usuario como la de administrador, te recomiendo instalar y probar ambos en un servidor web casero o gratuito con una base de datos de RO con datos de prueba, ver qué experiencia te agrada más y tomar una decisión basada en ello.