Voy a comenzar ampliando un poco mi respuesta a lo que me has citado primero, que son más largas y prefiero escribir desee el teléfono con más ganas
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Respecto a los plugins: efectivamente na idea es esa, que al hacer update en tu repositorio local no tengas que enfrentarte a problemas que tiene el programa que aplica los diffs de actualización. La función principal del Hercules Plugin Manager (así se llama) es poder añadir estructuras de datos propias y sobrecargar totalmente algunas funciones del código fuente, aunque también se proporciona un plugin para poder añadir hooks antes o después de las funciones del código, bien para modificar las entradas de las funciones (antes) o su resultado para las funciones que deban ser ejecutadas después. La idea de que los hooks sean un plugin es que así no se consume recursos de usuarios que lleven servidores y decidan no hacer uso de ellos. Como contraparte, tampoco es posible de momento sobrecargar estructuras de datos mediante plugins (aunque siempre puedes enlazarlos con estructuras que crees tú mismo en el plugin) y quizá sea ese el motivo por el que los plugins parecen no disponer del favor de muchos terceros desarrolladores que venden modificaciones y por eso comento que el sistema está infrautilizado. Mi visión personal tras hacer un plugin exclusivo para un servidor que no es mío es que la única dificultad añadida que entraña hacer un plugin es simplemente pegar un poco de código que siempre es igual, preocuparte de que añades los encabezados y las interfaces correctamente y de enlazar bien los datos en caso de necesitar extender alguna estructura ya hecha.
Sobre los scripts, pues simplemente se han hecho romper (entiéndase dejar de interpretar sin errores) malas prácticas que venían haciéndose incluso antes que en eAthena (pero los scripts bien hechos de la "madre" de eAthena incluso siguen funcionando) como por ejemplo usar el comando close; sin tener una ventana de diálogo con NPC abierta o la sensibilidad a mayúsculas y minúsculas: los comandos de scripting deben estar todo en minúsculas, el nombre de las variables específicas del jugador (como su nivel y tal) tienen mayúscula inicial y así. Deberías fijarte un poco en el manual de scripting si quieres verlo todo, que aunque no haya cambiado gran cosa algo nuevo sí hay. Y como dije, en cuanto a errores de mayúsculas y minúsculas siempre se envía un mensaje de error al usuario diciéndole lo que el servidor entiende que es una mala práctica y le corrige con lo que podría ser su nombre correcto.
Respecto a las preguntas:
-> Sí, existe un modo pre-renewal aunque es un parámetro que se pasa a través de... editar obligatoriamente el código. Aunque se pensó en incluirlo como configuración en la carpeta /conf, se dijo que como alguien generalmente usa renewal o no y es una decisión que podría ser "para siempre" mejor hacerlo a través de la compilación condicional que puede hacerse en C gracias a su preprocesador. Al desactivar renewal se cargan distintos NPCs y bases de datos, y el emulador se queda por defecto en un estado que llega hasta Brasilis, justo antes de la inclusión de las terceras clases si mal no recuerdo. Dicha configuración está en la carpeta src/config/renewal.h (como estoy en mi teléfono y no puedo mirarlo va de memoria, pero si no está por ahí estará muy cerca). Ya que sabes de C obviaré recalcar lo muy importante que es recompilar tras cambiar algo así para que la modificación surta efecto. El desarrollador que hizo anteriormente esto para rAthena es el "jefazo" actual de Hercules de hecho, por lo que si no lo han cambiado desactivar renewal en rAthena se haría de forma idéntica.
-> Por supuesto que puedes probar ambos a la vez si tu máquina tiene potencia suficiente como para ejecutar ambos emuladores a la vez si esa es tu pregunta. Solo recuerda que tendrás que cambiar los puertos de escucha de los servidores (y actualizar tu cliente de forma acorde) para que los emuladores no se peleen por usar los mismos puertos. También recuerda que las bases de datos (me refiero a las SQL) son distintas así que hay que tener una distinta para que ambos emuladores se lleven bien en tu máquina (que ya es mejor que como se llevan algunos entre un emulador y otro).
Aquí sigo aunque sea respondiendo desde el móvil a lo que tenga capacidad de responder desde este soporte limitado. ¡Un saludo!