A mí me encantaría hacer guías cuando ya entienda mejor cada cosa porque llevo muy poco tiempo en esto. Pero como una sugerencia rápida te puedo decir que intentes escoger los diffs que pone Recommended, usando el Nemo patcher.
Usar el Nemo patcher no es la gran ciencia, abajo en Input exe file cargas tu Ragexe (2013-12-23cRagexe.exe), y en Output el nombre que quieres para el Ragexe parchado. Le das a Load Patches y a Select Recommended para que escoja de golpe todos los diffs recomendados. Por último le das a Apply selected.
Si marcas "Disable 1rag1 type parameters" luego puedes iniciar RO con el mismo Ragexe diffeado, pero si vas a usar un Launcher externo como Loki o si quieres forzar a los usuarios a usar un patcher como Thor antes de abrir el juego, lo mejor es quitar esa opción.
Sobre los programas que vienen en ese pack:
grfbuilder es para editar los archivos grf que contienen los datos del juego (sprites, texturas, mapas, etc.), aunque yo recomiendo GRF Editor
Nemo Patcher para diffear
Reshack te sirve para cambiar el ícono al Ragexe aunque lo más probable es que termines usando un launcher o Thor, además puede corromper el exe así que no lo recomiendo (o al menos a mí me pasó)
unbollox puede cambiar los nombres de archivos y carpetas en coreano, por ejemplo en ese mismo pack si no me equivoco todas las cosas en la carpeta Data que trae están en caracteres coreano y para que funcionen en tu carpeta de RO deben usar caracteres ASCII, con unbollox puedes corregir eso
xDiffPatcher es otro programa para diffear, pero este utiliza archivos .xdiff